تتولى إدارة جامعة فلسطين التقنية "خضوري" مجموعة من المجالس؛ لتظل جامعة خضوري متفوقة ‏محليًّا، ومنافسة على المستويين العربي والدولي‎.‎‏ تم تشكيل هذه المجالس وفق النّظام الأساسي للجامعات ‏الحكوميّة، من عدد من المثقفين والمتخصّصين في المجتمع الفلسطيني والشتات؛ لدعم وصيانة استقلاليّة ‏الجامعة، والعمل على رفع شأنها ونموها وازدهارها.‏
‏ وتتوالى الإدارات لها، وتكمل كل مجموعة البناء على إنجازات من سبقها، لتظل الجامعة الحكوميّة الرائدة ‏على المستويات الأكاديميّة والإداريّة والماليّة. ‏
تتكون إدارة الجامعة من مجلس الأمناء، مجلس الجامعة، والمجلس الأكاديمي بمساندة من مساعدي الرئيس ‏والنواب، ويتولّى إدارة كل كليّة من كليّات الجامعة عميد الكليّة ويعاونه في ذلك مجلس الكليّة ومجلس القسم ‏الأكاديمي، كما يتولّى إدارة كل وحدة رئيس الوحدة،وكل دائرة أكاديمية أو إداريّة رئيس الدائرة، ويتولّى ‏إدارة كل عمادة مساندة عميد الكليّة، ويتولّى إدارة كل مركز مدير المركز.‏

• تعليم متميّز يتمثّل في دفع أفواج الخريّجين المؤهّلين لملء الشواغر في المجالات المختلفة للدولة ‏والمجتمع بما يتناسب واحتياجاتها.‏
• خدمة المجتمع أو ما يُسمّى بتحمّل الجامعات لمسؤولياتها المجتمعيّة وتحقيق التنمية المستدامة.‏
• الارتقاء بالنظامين: التعليمي، والإداري في الجامعة إلى مستويات أفضل، بتطبيق معايير الجودة ‏الأكاديميّة العالميّة والحصول على الاعتماد الأكاديمي الدولي لمختلف البرامج التي تطرحها الجامعة.‏
• تفعيل ما هو موجود وذلك ضمن سياسة تعظيم الإنجاز وتوسيع باب المساءلة، ومراقبة الأداء للسير ‏في إصلاح التعليم الجامعي، بمنهج رشيد تكون الواقعيّة من مقوماته، والرؤية المستقبليّة من ‏مستلزماته‎.‎
• المشاركة الواسعة بالقرارات الاستراتيجية وتخصيص الموارد، مع وجود آليّات رقابيّة حكيمة.‏
• التأكد من مدى الالتزام بالأنظمة والتعليمات، ومدى كفاية نظام الرقابة الداخلي للجامعة وكفاءته‎.‎
• المساهمة في التحوّل إلى الاقتصاد المعرفي وعالم المعلوماتيّة.‏